Nội dung chính củaRed Alert 3xoay quanh nhữngcuộc du hành ngược thời gian, khi mà quân Xô Viết, trước nguy cơ thất bại, đã sử dụng cỗ máy thời gian để quay ngược lại quá khứvà ám sát Albert Einstein vàviết lại toàn bộ lịch sử. Tuy nhiên, trong quá trình đảongược thời gian, lực lượngXô Viết vô tình giải thoát cho một lực lượng thứ 3, đó là vương triều Rising Sun có nguồn gốc từ Nhật Bản. Như vậy,Red Alert 3là cuộc đối đầu tay ba: Xô Viết – Đồng minh – Nhật Bản. Giờ đây, mặt trận trênbiển, một yếu tố vốn bị lãng quên trong dòng Command & Conquer, nay lại đóng một vai trò vô cùng quan trọng và là yếu tố mang tính quyết định thắng bại. Khác với các phiên bản trước, bạn có thể thiết lập căn cứ của mình ngay trên biển và thậm chí có thể xây sân bay trên mặt biển.
Nếu đối thủ của bạn có rấtnhiều đơn vị đánh bộ, bạn có thể tìm kiếm sự an toàntrên biển và ngược lại. Những trận thủy chiến giờđây trở thành tâm điểm củaRed Alert 3với nhữngchiến thuyền được trang bị súng phóng sét Tesla, những chiếc hàng không mẫu hạm tối tân, những chiếc tàu thiện chiến… Ngoài ra, nhà phát triển còn bổ sung thêm những đơn vị quân hết sức thú vị như cá heo với khả năng phát ra sóng siêu âm, gấu nhảy dù hay chó được vũ trang… Theo những thôngtin mới nhất, hơn 70 đơn vị quân sẽ xuất hiện trongRed Alert 3với rất nhiều sự cải tiến và bổ sung mới mẻ.